Recientemente tuve un montón de problemas con una aplicación web la cual fue modificada bajo MS Windows y tenia el formato MS-DOS. Encontré un montón de errores en los logs de cron el cual corría estos scripts de perl, para no darle largas a la historia, me toco encontrar todos estos scripts y modificarlos, como no fui yo quien subió los scripts al servidor no tenia ni idea de en que subdirectorio podían estar ni cuantos eran. Aquí esta el script que use para conseguir los archivos:
grep -IUl --color '^M' -R ./*
Este script generara una lista de archivos que están formateados como MS-DOS, fácilmente se podría hacer un 'for/while loop' y pasarlos por alguna aplicación como dos2unix.